La commune, située sur un plateau granitique avec quelques couches d'argile, voit son relief s'organiser suivant deux territoires distincts séparés par les vallées de la Scie et de l'Argent.
Au nord de la Scie, un plateau domine, qui s'incline légèrement du sud-ouest (Puy Louet, Blanchette) vers le sud-est, de 175 m à 150 m.

Au sud, des vallonnements plus prononcés ondulent entre plusieurs cours d'eau : l'Argent, le ruisseau de Tournelay, le ruisseau de la Motte… Ces vallonnements culminent en deux points : au sud le Bois des chèvres (à 211 m), à l'ouest la Blanchardière (à 188 m). Le sol granitique apparaît ponctuellement dans les vallées par des éboulements ou des affleurements rocheux.
Le nord de la commune n'accueille que de rares cours d'eau mais est en revanche ponctué de nombreuses mares autour desquelles se sont rassemblées les habitations.
L'ensemble de la commune appartient au bocage bressuirais, plus généralement au bocage vendéen, à parcelles étroites et pourvu d'un réseau dense de haies. Les essences arborées sont dominées par les chênes, châtaigniers et frênes. Les haies sont en outre constituées d'arbustes sur un mètre de largeur : sureaux, églantiers, ronces, ajoncs…

Le bocage a constitué traditionnellement une ressource en bois de chauffage et les boisements se sont peu développés : quelques massifs boisés perdurent autour de Puy Louet, de l'Oriolière, de la Barre, de Marolles, de Tournelay et du Bois des chèvres.

Le caractère bocager se densifie dans les vallées et leur donne une présence discrète. Les coteaux pentus constituent un obstacle aux déplacements. Les voies se déroulent parallèlement aux ruisseaux et ne les franchissent que ponctuellement. La commune est caractérisée par ses deux centres-bourgs et de très nombreux écarts qui comportent pléthore de châteaux, gentilhommières et manoirs (voir la rubrique Patrimoine) et dont on retrouve pour nombre d'entre eux des vestiges moyenâgeux.
Les sites archéologiques sont multiples à Nueil-Les-Aubiers, en particulier les établissements médiévaux. Il faut enfin accorder une place particulière à la voie romaine qui traverse le nord de l'agglomération, l'actuel chemin de Chausseraie. La commune de Nueil-Les-Aubiers s'étend sur un territoire de 9 883 ha, ce qui la place au premier rang départemental, si on excepte la situation particulière de Bressuire et Mauléon avec leurs communes associées.

Utilisé à plus de 87 % en surfaces agricoles, notre territoire apparaît fortement marqué par l'agriculture en termes d'aménagement et d'occupation du territoire. Ceci apparaît également à travers la densité de population. 5 122 habitants ayant été recensés en 1999 (ce qui place la commune au sixième rang départemental, là aussi sans compter Mauléon), la densité à Nueil-Les-Aubiers - 51,8 habitants / km² - apparaît plus faible qu'au niveau départemental où elle se situe à 57 habitants / km².

Les chiffres du recensement de 1999 (Nueil-sur-Argent - Les Aubiers) ont fait apparaître une baisse de la population de 1990 à 1999, alors qu'une hausse avait été constatée de 1968 à 1990. Le même phénomène a été observé dans l'arrondissement et le Département, la perte étant cependant moins élevée dans notre commune. A Nueil-Les-Aubiers (Nueil-sur-Argent - Les Aubiers), un excédent naturel est constaté (+ 135), le nombre de naissances étant plus important que celui des décès ; mais on note surtout un solde migratoire négatif (- 223), les habitants quittant notre commune étant plus nombreux que ceux s'y installent. Ce dernier élément est bien la cause de la diminution de la population ; il s'explique en grande partie par la faiblesse de l'emploi qualifié dans les entreprises locales et environnantes, un grand nombre des jeunes Nueillaubrais diplômés d'études supérieures devant quitter notre territoire pour trouver un emploi correspondant à leur niveau de qualification.